Разница между научным словарем и популярным существует. Другое дело, что источников так много, что они появляются в разных словарях. Наиболее полная коллекция источников в базах Института русского языка, но интерпретация данных различается от автора к автору. Для того и нужен научный (академический ) словарь, чтобы мнения сближались, однако это достигается с трудом. Даже в цитируемой статье научным словарем признан словарь М. Фасмера (по сравнению, например, со словарем П.Я. Черных), а о словаре под ред. Р.И. Аванесова нет ни слова (он касается только древнерусского языка ). Свой словарь П.Я. Черных сам адресовал массовому читателю.
« Принципиальные различия между словарями определяются выбором одного из двух методов изложения результатов этимологического анализа лексики: пословного или гнездового. Эти различия проявляются в разработке как словника, так и объясняющей части словарной статьи. При пословном методе все анализируемые слова включаются в словник, объектом исследования в объясняющей части каждой статьи является одно слово; при гнездовом методе в словник включаются лишь опорные слова каждого этимологического гнезда, послужившие производящими основами для других лексем, а все остальные образования каждого гнезда распределяются в объясняющей части словарных статей, посвящённых опорным словам, так что в каждой статье рассматриваются словообразование и семантика целой группы родственных слов. Нек-рые учёные считают гнездовой метод устарелым, менее трудоёмким, ориентированным на неспециалистов и менее научным, а пословный метод - более современным и научным (Трубачёв, Славский; противоположная оценка - у Я. Малкиела). Разработка оптимальной методики наиболее полного отражения в словарной форме совр. представлений о генетической организации лексики и о месте в ней каждого слова - важнейшая задача Э.с,
Существенные различия между Э.с. определяются различием адресатов: научный Э.с, предназначенный для специалистов, характеризуется максимальной полнотой словника, изложением истории и совр. состояния вопроса, полнотой библиографии, аргументированностью предлагаемых этимологических толкований; популярный Э.с, ориентированный на широкого читателя, имеет меньший словник (и только лит. лексику), минимальную характеристику этимологических версий, отличных от авторской, минимум библиографии (или она вообще отсутствует) и краткую, упрощённую аргументацию. Популярный Э.с. наиболее уязвим для критики в отношении степени доказательности предлагаемых решений. Поэтому степень упрощения научного аппарата (использование реконструированных форм на уровне праязыка, упоминание древних фонетических процессов и т.п.) в популярных Э.с. варьируется.
Для широкого читателя предназначен «Историко-этимологический словарь современного русского языка» П. Я. Черных (т. 1-2, 1993; авторская работа над словарём была закончена в 1970), однако аппарат этого издания более сложен. Словарь построен по гнездовому принципу.
Наиболее полным законченным совр. научным Э. с. рус. языка является «Этимологический словарь русского языка» М. Фасмера (М. Vasmer, «Russisches etymologisches Wörterbuch», Bd 1-3, 1953-58; пер. с нем. и дополнения О. Н. Трубачёва, т. 1-4, 1964-73; 2 изд., 1986-87), включающий в словник диалектизмы, нек-рые собственные имена. » (
http://etymolog.ruslang.ru/doc/encycl-etymol_dict.pdf )
"На момент начала работы Павел Яковлевич заметил, что словарь А. Г. Преображенского (1914, 1944) устарел, словарь М. Фасмера (1950—1958) отличался некоторым субъективизмом в отборе и толковании слов, «Краткий этимологический словарь» Н. М. Шанского, В. В. Иванова и Г. В. Шанской (издан в 1961) имел ограниченный словник. Свой словарь языковед адресовал массовому читателю, преподавателям вузов и школ. Но при этом словарь также представлял научную ценность, он стал интересным как массовому читателю, так и специалистам-языковедам. Словарь не завершен из-за смерти автора в 1970 г." (
http://www.slovorod.ru/etym-chernykh/index.html )